Suruhanjaya Hak Asasi Manusia Malaysia (SUHAKAM) ditubuhkan oleh Parlimen di bawah Akta Suruhanjaya Hak Asasi Manusia Malaysia 1999, Akta 597. Akta tersebut telah diwartakan pada 9 September 1999. Mesyuarat sulung SUHAKAM diadakan pada 24 April 2000.

Daya usaha menubuhkan sebuah institusi hak asasi manusia pada peringkat nasional di Malaysia bermula dengan penyertaan Malaysia yang aktif dalam Suruhanjaya Bangsa-Bangsa Bersatu bagi Hak Asasi Manusia (United Nations Commission for Human Rights – UNCHR) pada tahun 1993 – 95 apabila Malaysia dilantik sebagai ahli Suruhanjaya tersebut oleh Majlis Ekonomi dan Sosial Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (PBB). Pada tahun 1995, Malaysia diberi penghormatan apabila ketua perwakilannya, Tan Sri Dato' Musa bin Hitam dilantik sebagai Pengerusi sesi ke-52 UNCHR. Keanggotaan Malaysia dalam UNCHR dilanjutkan bagi penggal kedua, iaitu dari 1996-1998, dan seterusnya ke penggal ketiga, iaitu dari 2001-2003.

Pelbagai sebab telah mendorong Kerajaan Malaysia sehingga akhimya mempertimbangkan penubuhan sebuah institusi kebangsaan hak asasi manusia. Satu daripadanya ialah penglibatan aktif Malaysia sendiri di dalam UNCHR. Turut mempengaruhi ialah perhatian antarabangsa terhadap isu hak asasi manusia natijah daripada kejayaan Persidangan Sedunia berhubung Hak Asasi Manusia pada tahun 1993 di Vienna. Kerajaan-kerajaan yang menyertainya, termasuk Malaysia, bersetuju bahawa hak-hak asasi manusia meliputi rangkuman sejagat dan tidak boleh dipisahkan dan mereka juga menyedari peri pentingnya diwujudkan badan-badan hak asasi manusia di peringkat negara masing-masing.

Sebagai ketua perwakilan Malaysia ke UNCHR, Tan Sri Musa telah mencadangkan buat pertama kalinya kepada kerajaan Malaysia pada tahun 1994 bahawa inilah masa terbaik bagi Malaysia menubuhkan badan hak asasi kebangsaannya sendiri yang bebas.

Beberapa faktor telah mendorong cadangan ini: semakin meluasnya tekanan antarabangsa terhadap hak asasi manusia dan kesedaran bahawa isu ini melewati sempadan dan kedaulatan sebuah negara; penglibatan aktif Malaysia dalam sistem Bangsa-Bangsa Bersatu; suasana politik di Malaysia yang kian bertukar dengan para pengundinya semakin menyedari perkembangan politik disamping masyarakat awam yang bergerak maju dan bertambah peka tentang politik. Menjelang pertengahan tahun 1990-an, tujuh buah negara Asia, termasuk dua dari ASEAN - Indonesia dan Filipina – sudahpun menubuhkan institusi hak asasi kebangsaan masing-masing, manakala Thailand pula sedang membuat persiapan untuk mengambil langkah yang sama.

Pada 24 April 1999, lima tahun selepas idea itu diajukan, Menteri Luar, Datuk Seri Syed Hamid Albar, mengumumkan bahawa Kerajaan akan membentang satu Rang Undang-Undang dalam sidang Parlimen pada bulan Julai 1999 bagi menubuhkan Suruhanjaya Hak Asasi Manusia Malaysia. Rang Undang-Undang ini berpandukan kepada Prinsip Paris 1992 yang memperuntukkan kriteria antarabangsa bagi penubuhan sesebuah suruhanjaya hak asasi manusia yang bebas dan juga kepada pengalaman institusi hak asasi manusia yang sudah tertubuh, terutamanya dirantau Asia Pasifik.

Pada 3 April 2000, Kerajaan mengumumkan perlantikan pengerusi pertama SUHAKAM iaitu Tan Sri Dato’ Musa bin Hitam dan 12 ahli Suruhanjaya yang akan berkhidmat selama dua tahun dan penggal perkhidmatan mereka boleh dilanjutkan. Pelantikan dibuat oleh Seri Paduka Baginda Yang Dipertuan Agong atas nasihat Perdana Menteri. Meskipun Akta Suruhanjaya Hak Asasi Manusia Malaysia membenarkan pelantikan sehingga 20 orang ahli, keputusan dibuat bahawa SUHAKAM akan memulakan tugasnya dengan 13 ahli sehinggalah apabila lebih ramai ahli dirasakan perlu. Ahli SUHAKAM dipilih bagi mencerminkan kepelbagaian dalam masyarakat Malaysia yang berbilang kaum dan juga berdasarkan pengalaman, iltizam, kebebasan dan kewibawaan individu berkenaan.

Untuk membolehkan Suruhanjaya menjalankan tugasnya dengan lebih berkesan, beberapa kumpulan kerja yang khusus telah dibentuk, merangkumi pendidikan dan promosi, pembaharuan undang-undang serta perjanjian dan suratcara antarabangsa, hak ekonomi, sosial dan kebudayaan, dan aduan dan siasatan.

Pejabat sementara SUHAKAM di Wisma Putra (2000)

SUHAKAM memulakan operasinya di sebuah kabin kontena di Kementerian Luar Negeri sebagai sebuah pejabat sementara. Suruhanjaya akhirnya menyewa premis sendiri di Tingkat 29 dan 30 di Menara Tun Razak, Jalan Raja Laut, Kuala Lumpur dan berpindah kesana pada 24 November 2000. Bangunan itu dipilih kerana lokasinya di tengah-tengah bandaraya dan mudah pula dikunjungi oleh orang awam.